Bakanlık, 8 Mart 2008 tarihli Resmî Gazete'de yayımlanan Özel Öğretim Kurumları Yönetmeliği ile özel okullarda Atatürk Köşesi bulundurma zorunluluğunu kaldırmıştı. Bu düzenlemeye karşı açılan dava sonucunda, söz konusu zorunluluğun kaldırılması yönündeki madde iptal edilmişti.
Ancak Bakanlık, 21 Mayıs 2010 tarihli ve 27587 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan Millî Eğitim Bakanlığı Yaygın Eğitim Kurumları Yönetmeliği'nin "Türk Bayrağı ve Atatürk Köşesi" başlıklı 14. maddesi kapsamında, yaygın eğitim kurumlarındaki Atatürk Köşelerine ilişkin düzenlemeyi işlevsiz hale getirdi. Bu yeni düzenlemeye karşı da dava açıldı.
Danıştay 8. Dairesi, ilk aşamada düzenlemenin yürütmesinin durdurulması talebini kabul etti. Bakanlığın bu kararın kaldırılması için İdari Dava Daireleri Kurulu'na yaptığı başvuru da olumsuz sonuçlandı.
Son olarak, Danıştay 8. Dairesi davayı esastan görüşerek nihai kararını verdi. Danıştay, Anayasa'nın başlangıç kısmında ve 1739 sayılı Milli Eğitim Temel Kanunu'nda belirlenen amaçlar doğrultusunda, milli eğitim sisteminin temel amacının Türk Devletini ve Milletini ebediyete kadar yaşatmak, çağdaş uygarlığın ortağı ve öncüsü yapmak ve Türk Milletinin bütün fertlerini Atatürk ilke ve inkılaplarına bağlı olarak yetiştirmek olduğunu belirtti.
Danıştay, bu amacın gerçekleştirilmesi için yaygın eğitim faaliyetinin Atatürk ve inkılapları doğrultusunda, evrensel hukuka, demokrasiye ve insan haklarına uygun bir bütünlük içinde yerine getirilmesi gerektiğini vurguladı. Bu bağlamda, yaygın eğitim kurumlarında yer alacak Atatürk Köşesi'nin bu amaç ve bütünlüğü taşıyacak nitelik ve içerikte olması gerektiği kabulüyle sendikanın talebini haklı bularak düzenlemeyi esastan iptal etti.
Eğitim-İş Sendikası, kararın ardından yaptığı açıklamada, "AKP iktidarının tüm hukuksuzluklarına karşı tavizsiz duruşumuzu ve mücadelemizi kararlılıkla sürdüreceğimizi ifade etmek istiyoruz" denildi.