Ortaöğretimdeki eğitim düzeyi AB ve OECD bölgeleri içindeki en yüksek seviyedeyken, yüksek öğrenim gören yetişkinlerin oranı OECD ortalamasının üzerinde yer alıyor.
Eğitim, Estonya kültürünün kökeninde yatıyor. 17. yüzyıl boyunca, günümüz Estonya bölgesinin tamamının İsveç egemenliği altında olması, akademik ortaöğretim okullarının ve bir üniversitenin kurulmasına neden oldu (1632). Büyük Kuzey Savaşı’nı takiben bir yüzyıl sonra Estonya, Rus egemenliği altına girdi. Alman üniversitelerinde eğitim almış kilise liderleri ve bir dinsel reform hareketi olan Pietizm, Estonya halkı arasında öğrenme arzusunu artırmaya devam etti. Pek çok yetişkin, okumayı, yazmayı ve müzik yapmayı kendi kendine öğrendi ve daha sonra bu becerileri çocuklarına aktardı. Bunun bir sonucu olarak nüfusun oldukça büyük bir bölümü okuryazardı: 18. yüzyıla ait kayıtlar, her iki köylüden en az birinin okuyabildiğini gösteriyor. 1922 yılında yapılan nüfus sayımına göre ise nüfusun yüzde 90′ı okuma ve yazma biliyor.
Kısa bir bağımsızlık döneminden sonra Estonya 1944 ve 1991 yılları arasında Sovyetler Birliğine dahil oldu. Bu süre içinde eğitim çok daha erişilebilir bir hale getirildi ve endüstrinin hizmetine sunuldu. Özellikle de askeri endüstrinin. Genel eğitim müfredatı, problem çözme ya da karar alma becerilerinden çok, özellikle doğa bilimlerinde ansiklopedik veriler edinmeye odaklanıyordu. Tüm çocuklar en az yedi yıllık temel eğitim aldı. Temel eğitimin süresi sonunda dokuz yıla yükseltildi. Ortaöğretim ve meslek okullarına kayıtlar, tıpkı üniversite mezunlarının sayısında olduğu gibi genel bir artış gösterdi.